Fêté comme un héros national en 1798 et salué par Jussieu comme un ami des sciences, Nicolas Baudin tombe en disgrâce six ans plus tard, son expédition aux Terres australes étant considérée comme un échec malgré la richesse des collections rapportées en France. La campagne de dénigrement personnel menée contre lui par ceux qui l’ont accompagné aux Antipodes n’explique qu’en partie ce revers de fortune. Une analyse de son voyage aux Antilles et des conditions de sa réussite permet de mieux saisir, a contrario, l’impact qu’auront sur sa réputation, comme sur sa pratique du voyage scientifique, les profondes mutations qui s’opèrent en France entre le Directoire et l’Empire, au niveau politique et institutionnel.