Le 30 septembre 1748, la Compagnie française des Indes orientales charge Pierre Poivre (1719-1786) de se rendre à Manille dans le but d’acquérir et d’acclimater à l’île de France le giroflier et la muscade, cultivés par la VOC (Compagnie néerlandaise des Indes orientales) dans ses colonies des îles Moluques. Le 1er octobre 1755, Poivre soumet au conseil supérieur de l’île de France une description manuscrite d’un plant de muscadier rapporté de l’île de Timor. L’apothicaire attitré de la Compagnie des Indes, Jean-Baptiste-Christophe Fusée-Aublet (1723-1778) conteste ce rapport et affirme que le soidisant muscadier est un aréquier. Dans cet article, nous relevons, dans un premier temps, les facteurs sociaux et relationnels qui ont conditionné les discours de cette controverse botanique, en cherchant leurs origines dans la documentation personnelle de Fusée-Aublet et de Poivre. Dans un second temps, nous observons les discours de détermination des muscadiers et la volonté de situer l’argumentation sur un plan à la fois scientifique, juridique et polémique. En analysant le récit complotiste élaboré par Poivre au sujet de Fusée-Aublet et d’autres personnalités de la Compagnie des Indes, nous tentons finalement de comprendre le régime épistémique qui sous-tend le discours rhétorique de cette controverse botanique.