Dans les décennies qui précédèrent l’indépendance du Mexique les sciences et les techniques furent un vecteur privilégié des Lumières mais, parallèlement aux réformes institutionnelles éclairées en la matière, l’Inquisition exerçait une étroite surveillance sur les milieux intellectuels. Venu de Guadeloupe après être passé dans plusieurs colonies espagnoles, Esteban Morel, un médecin français installé en Nouvelle-Espagne, en fut victime lors de la répression contre les résidents français après la guerre entre la République et l’Espagne. Introducteur de l’inoculation dans la vice-royauté (1779) et propriétaire de mines innovant, il appartenait aux cercles éclairés de la capitale coloniale, contribuant aux débats dans la presse locale et à l’exploitation minière, première richesse du pays. L’influence de ce lecteur de Voltaire et de Buffon, déiste et probablement franc-maçon, était d’autant plus dangereuse qu’elle s’exerçait jusque dans l’entourage du Vice-Roi. Au-delà du cas particulier, le dossier que l’Inquisition forma contre Morel dès 1781 illustre les formes discrètes de la pénétration des Lumières au Mexique, les résistances auxquelles elles furent confrontées et la violence de la répression en matière religieuse, qui s’accentua avec la crainte d’une conspiration révolution naire en 1794.