L’évaluation ex-post des Mesures agro-environnementales (MAE) du Règlement de Développement Rural impose l’évaluation de leurs effets propres. La première partie de l’article rappelle les principes généraux de l’estimation des effets propres d’une politique. La démarche propose de mobiliser les indicateurs agro-environnementaux comme variables de résultats dans deux méthodes économétriques (matching et double différence). Quatre critères de sélection des indicateurs sont proposés (la pertinence de l’indicateur pour représenter la pratique agricole, le statut de l’indicateur sur la chaîne causale des effets, l’échelle spatiale de calcul, la disponibilité des variables de calcul dans les bases de données nationales) puis testés sur 220 méthodes d’indicateurs recensées. Les résultats montrent que compte tenu des variables disponibles et de la représentativité spatiale des bases de données de la statistique agricole française, seulement 40 indicateurs sont mobilisables pour évaluer les effets propres des MAE françaises sur l’eau et la biodiversité pour la période 2000 - 2006.