Dans cet article, à travers l’étude du cas de la filière forêt-bois-papier aquitaine, nous soulignons la nécessité d’intégrer une plus forte prise en compte des ressources naturelles dans les analyses en termes de systèmes d’innovation. Prenant appui sur la principale spécificité de cette filière, à savoir sa forte dépendance à la ressource ligneuse, le présent article est focalisé sur la manière dont cette dépendance configure le système. Nous illustrons notre propos par l’analyse qualitative de trois projetsd’éco-innovations représentatifs de la filière bois en région aquitaine, et menés sous l’égide du pôle de compétitivité Xylofutur.