L’ Auld Alliance disparaît en 1561 après quatre années de crise qui marquent aussi son apogée. Sous l’impulsion de la politique d’Henri II activement soutenue par les Guises, Marie Stuart – dont la mère, Marie de Guise, est régente en Écosse – est mariée au dauphin François (1558) tout en prétendant à la couronne d’Angleterre contre Elizabeth I ère , situation intolérable pour cette dernière surtout lorsque Marie Stuart devient également reine de France (1559-1560). Dans le même temps, un « malcontentement » écossais se structure avec les Lords of the Congregation , appuyés par John Knox, face au pouvoir français catholique. François II et ses oncles les Guises s’engagent avec ambassadeurs et gens de guerre à la fois contre la délégitimation de la régente en Écosse et l’aide militaire anglaise apportée aux lords écossais en train de s’imposer. Dans le contexte de la paix du Cateau-Cambrésis, que les princes cherchent à préserver, s’imbriquent le conflit larvé franco-anglais et la question de la légitimité du pouvoir et de la réforme en Écosse. Les négociations permanentes et les campagnes de justification dévoilent cet épisode charnière entre un premier XVI e siècle renaissant et le nouveau visage que prend la Chrétienté avec l’établissement d’Églises protestantes.