En 1755, le rêve de l’ex-missionnaire Pierre Poivre (1719-1786) de transformer la colonie de l’île de France en comptoir d’épices fines est brisé par l’autorité scientifique locale, l’apothicaire-botaniste Jean-Baptiste Christophe Fusée-Aublet (1723-1778). Dans une série de rapports, ce dernier contredit violemment la validité des récoltes de muscadiers rapportés des Indes orientales par Poivre et dénonce ouvertement une fraude. La dimension rhétorique de cette controverse botanique a été récemment analysée qui laisse au second plan la question de l’identité véritable des spécimens en question. Cependant, le débat entre Poivre et Fusée-Aublet suppose qu’une détermination précise du muscadier (Myristica fragrans Houtt.) était possible au siècle des Lumières. Dans cet article, nous établissons dans un premier temps le portrait d’une plante dont on connaissait les parties actives (graine et macis), mais dont l’identité botanique n’est encore que fragmentaire au xviiie siècle. Nous proposons ensuite, par une analyse des « indices botaniques » détectés au sein de divers manuscrits, un inventaire quantitatif et qualitatif du matériel végétal ramené lors des diverses expéditions de Poivre (1753, 1755). Nous examinons enfin la méthodologie mise en oeuvre pour la détermination de cette espèce végétale à très haute valeur économique et mettons en évidence les nombreux obstacles – factuels ou épistémiques – qui ont entravé le savoir botanique des Lumières.