La chimie moderne, loin de s’être constituée en rupture avec la tradition alchimique, s’est au contraire nourrie des travaux d’une « philosophie chimique » d’inspiration paracelsienne qui produit encore ses effets dans les travaux des chimistes de l’Académie royale des sciences au début du XVIIIe siècle. C’est ce que montre en particulier l’analyse de la querelle qui opposa Louis Lémery et Étienne-François Geoffroy à propos de la fabrication artificielle du fer. Les arguments que Geoffroy oppose aux conceptions mécanistes de Lémery sont tirés de travaux alchimiques sur la teinture des métaux et les principes métalliques à l’oeuvre dans les opérations de transmutation. Son attaque contre les supercheries des alchimistes vise les charlatans, mais non pas les travaux de ses prédécesseurs, dont il tirera la célèbre table des affinités chimiques, qui constitue l’un des piliers de la chimie du XVIIIe siècle.