Parmi les sources de Salammbô, on trouve un ouvrage de Frédéric Daumer qui veut prouver que « Moloch et Jéhovah étaient au commencement un seul et même dieu » et relie le culte hébreu et le culte chrétien des origines au sacrifice humain et à l’anthropophagie. Flaubert était pleinement conscient de l’existence de cette théorie qu’il formule à plusieurs reprises dans ses notes de lecture de la Bible et dans ses brouillons et qui peut expliquer la « rage antireligieuse » qui s’exprime dans ses lettres à cette période. Le roman a été le pour Flaubert le lieu d'une réflexion théologique souterraine qui a fait réagir le dieu païen sur le dieu judéo-chrétien : en cherchant Moloch dans Jéhovah pour les besoins de sa documentation et parce que les sources sur Carthage étaient maigres au regard de l’immense continent de la Bible, le romancier a trouvé Jéhovah dans Moloch. Dans ces conditions, la remise en marche de la statue du Moloch dévorateur n’est plus à considérer comme la reconstitution d’un culte biscornu et périmé mais la reviviscence d’un rite qui se rattache à l’origine même du christianisme, qui l’explique et le contient tout entier.