Moliniste, Fénelon n’a cessé de combattre l’assimilation du jansénisme au thomisme dont les jansénistes se servaient pour discréditer les condamnations romaines à leur encontre. Il a été si acharné que les contemporains se sont demandé s’il n’avait pas voulu proscrire les thèses thomistes en même temps que le jansénisme. Certains ont au contraire estimé que Fénelon s’était rapproché du thomisme en reconnaissant l’orthodoxie de la thèse de la prémotion physique, notion par laquelle les thomistes caractérisaient le secours divin octroyé à une volonté en acte. Congruisme et thomisme sont finalement les deux seuls systèmes auxquels Fénelon reconnaisse une pleine orthodoxie. Davantage, pour lui, le vrai thomisme n’est orthodoxe que parce qu’il est proche du congruisme.